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今天是帝都的国庆日，凌威皇帝在臣子们的围簇下兴高彩烈，觥筹交错，唯有大魔法师黑泽尔显得满腹心事，落寞寡欢。太子凌铠见黑泽尔步出皇宫不由也跟了上去，他虽贵为皇族，和黑泽尔之间却有着深厚的友谊。在皇家神庙找到黑泽尔劝慰他几句，黑泽尔满脸的忧色，说要自已静一静，凌铠无奈离开，神庙中只剩黑泽尔一人面对墙上的四位神址的画像。这时他的脑海又浮现七十年前帝都崩坏事件的画面，象是自已与那场大灾难有着什么关联。迷乱中黑泽尔朝墙上的烈火神像挥出一掌，一件法器从画中落到了地上，他正自诧异间，画上有道声音吸引他走过去......
凌铠回到皇宫大厅后,整个皇宫伴随着一声巨响突然一阵晃动,热闹的庆典顿时停止了下来,凌铠知道爆炸声来自神庙,急忙前去探看.进入神庙看到三个黑衣人围攻倒在地上的黑泽尔,上前扶起黑泽尔,那三名黑衣人(召唤术士)召唤出三只魔兽与二人对战,打败它们后,黑泽尔施展出暗能护壁惊退了幻影术士,凌铠上前察看黑泽尔的伤势,而黑泽尔此刻两眼空洞,若有所思.
翌日,在皇宫大殿上两人将神庙中所发生的事向凌威皇帝作了汇报,黑泽尔将那件上古法器拿给皇帝看了一下,说这可能是七十年前如唤术士用来召唤巨大暗黑魔神的媒介,如果不赶快寻找四块暗黑能源石的话,帝国可能还会受到召唤术士的打击,两人于是接受了皇帝下达的任务,决定马上前往召唤术士所集居的"不祥之地"展开调查。
出了皇宫，两人在桥上理不出调查的头绪，商量着先到城里的酒馆弥赛亚酒馆喝杯小酒再从长计议。来到平民区的弥赛亚酒馆，在柜台上与酒保蓝斯洛打个招呼，要过两杯酒后老板娘伊莲走了出来，她闲聊了几句便行色匆匆地走开了。黑泽尔打听了一点有关伊莲的事，说好象有人跟踪了他们......出了酒馆，到前方的旅馆开房间休息，两人睡到半夜忽被一道人影惊醒，循影追去见那人倏忽一闪进到酒馆之中。在酒馆中追到那人，原来是酒保蓝斯洛，交谈几句他打开一道暗门逃了出去，两人在后面继续追赶，沿着暗道的台阶一路爬上去，在迷宫中往右找到出口来到桥上喊住了蓝斯洛，就在这时伊莲也出现了，解释说蓝斯洛并非是为了偷钱而潜入旅馆的，而是要找黑泽尔身上的魔核，这是他们救世同盟世代所流传的职责，为此要阻止两人进行寻找四块暗黑能源石的任务，以避免第二次的帝都崩坏事件的发生，而当初一路跟踪两人的也正是伊莲！双方口枪舌剑，气氛紧张，看来一场战斗是免不了了，伊莲将抢夺魔核的任务交给蓝斯洛后离开。
凌铠和黑泽尔联手击败了蓝斯洛，这时大地传来一阵晃动，蓝斯洛趁机逃走，追赶中在一入口前遇到伊莲，听她说虽很佩服凌铠救国救民的雄心，但事情原没有他所想像的那样简单，然后便乘着一艘飞船逃走了。在怔愕之余，黑泽尔说还是寻找能源石要紧，那救世同盟名字虽取得好听，看他们形迹可疑的样子，八成也是个叛乱组织，而凌铠却看伊莲不象是个坏人......两天回到酒馆时天色已经放亮，决定往巫舷进发，这个以前是帝国军港的地方，在七十年前遭到暗黑魔神冰封后到现在还是满天大雪的，那些避难的召唤术士后裔想必不会对帝国的人太友善吧？不过明知调查的阻力重重，也只有见机行事，见招拆招了。

第二章：冰海巫舷

从平民区往下走可从迦蓝帝国来到巫舷，在冰封的海面穿行，两人均感到寒冷无比，忽然一声巨响前方出现了一只大蛇怪，将它打败后，黑泽尔感到冰海中还有一股异样的杀气，说着一条可怕的沙罗曼蛇出现了，而一条被召唤出的火蛇吓走了它。这时一名小女孩（雪儿）出现在了他们的面前，正是她用召唤术救下两人的。两人对这位雪儿隐瞒了身份，向她打听去巫舷聚落的路，并向她打听在神庙遇到的那三名黑袍召唤术士，雪儿说村里并没有这样的人，叫两人自已到村里去找找看。三人往前刚进入巫舷聚落，雪儿便一溜烟地跑开了，黑泽尔看右边有一间较大一些的屋子，可能是这里村长或长老的家，决定从那里展开调查。
推门进入那栋大屋子，一个脸上堆满皱纹的老人（独孤望）言语中有责怪之意，凌铠连记上前道歉，说出在神庙中出现过三个召唤术士，独孤望说村里确实不存在这样的三个人，而七十年前的帝都崩坏事件也并非是召唤术士所为，正说话间雪儿欢喜地跑了进来，独孤望对雪儿施用召唤法术的事责备了几句，雪儿审辩说是为救人才会这样做的，当她知道凌铠和黑泽尔是从帝都来的，脸上登时蕴含怒意，独孤望提起往年旧事不由老泪纵横，这里的所有人都是那个事件的无辜者......凌铠看这件事或许另有隐情，便拉着黑泽尔步出屋外。独孤望心忖那个叫凌铠的王子本性不坏，这趟从帝都出行可能是那里真的发生变故了，于是派雪儿跟住他们。
在村中凌铠和黑泽尔正自无措，雪儿走过来要和他们一起出行，去寻找四块能源石，以洗脱巫舷人的冤名......黑泽尔想出能源石可能与神庙中的四元素神像有关，或许那些神像暗示着能源石的下落，魔核是在第三尊烈火神像中落下的，那么第一尊寒冰神也许暗示着有一颗能源石就在这冰封之地吧。雪儿这时说起父母因入一艘大船惨死的旧事，动情之处不由嚎啕大哭，众人决定到那艘村民忌惧的大船里探看一下。
三人往前来到当年战舰的缺口处，凌铠才知这就是迦蓝帝国航空母舰毗沙门号，原来它从七十年前就沉睡在这里了。在战舰内部是一个迷宫，在一层有三条往上的通道，走中央那条上二楼可找到一个开关按下去，返回到一楼从左边的通道一路爬上三层找到了毗沙门的控制室，见这船虽搁浅了这么久，仪表板上依然灯光闪烁，中央那个闪着蓝光的东西正是两人要寻找的寒冰石，黑泽尔正欲上前去拿，舱内出现了一只大海怪，两人合力砍死它替雪儿的父母报了仇，黑泽尔也拿到了那颗寒冰石。可当雪儿接近那具海怪尸体时不想它居然复活了将雪儿扫倒在了地上，这时远处一人发出一道闪光将海怪再次击倒，原来是伊莲和蓝斯洛跟了上来。
见面之后，伊莲要三人交出寒冰石给救世同盟来保管，凌铠和黑泽尔经过旅馆的事件后当然不肯轻信她，伊莲道出她祖父及成员一直保守着毁灭帝都的上古魔神“金刚密迹”前后的秘密，阻止一些野心家破坏帝都。这个魔核也叫金刚杵，是金刚密迹的核心部分，而四枚暗黑能源石则是用来培植金刚密迹的能源......正说话间那个海怪再次复活，战斗中伊莲受了重伤，于是黑泽尔带着寒冰石离开，凌铠和雪儿留下来帮助伊莲。
最后打败海怪后，蓝斯洛说了一些告诫的话后带着伊莲乘飞船离开，而凌铠百思不解他话中的深意，只好和雪儿也一起返回到了村上。这时前方传来了一声爆炸声，在半路上遇到被震昏的黑泽尔，三人快速进入广场看到了那三名召唤术士，在打败一只邪鬼虫后，三名幻影术士再次消失，雪儿在村中找到了奄奄一息的爷爷，独孤望叮嘱雪儿要替族人雪耻报仇，把一只召唤兽飞龙交给了她。最后把雪儿托付给凌铠照看便即死去，雪儿在悲痛中跑出了村外。
凌铠和黑泽尔把村中的死难者埋葬，开始担心雪儿的安危，又想起召唤术士临走时所说的话，想必他们已知道下一枚的奔雷石的所在了。就在凌铠给雪儿写信的时候，额头上的胎记现出，那里忽然感觉到一阵剌痛，说这块胎记只有在参拜四守护神时才会出现......两人出村在村口找到一只气垫船，将那颗寒冰石放上去便可以启动了，两人乘着气垫船往下一站蕈林岛飞去。当雪儿返回村庄的时候不见了凌铠哥哥，只看到地面上留下的文字，忽然她在地面看到了一个发亮的东西，原来是只手镯，接着她召唤出了飞龙，骑着它朝蕈林岛的方向找去。

来到了蕈林岛的丛林地带，凌铠说起苏利耶王朝曾在这儿建过一所生化研究所，也许东西会藏在研究所里面，两人于是朝密林深处走去，走着走着感到好象有人在跟踪，这时一只大箱子人天而降罩住了他们，一群小生物将他们带到了一片居民区，在这时非凡到了雪儿，原来她也是被这群小生物捉来的，在说话的时候脚下传来了一阵吼叫声，跟着一阵晃动三人一起掉落在一口大井中，在这充满动物残骸的地方见到了一只丑陋的怪兽，原来它就是那些小生物所奠拜的神，三人已成了它的供品了。在把这个怪兽解决掉后上去见呀呜长老，这次那些生物把三个也当成了神并设宴款待，雪儿和他们劲聊起来，听他们提到一块发光石头的事，说那个地方危险不能过去，在雪儿的执意下，长老领众人进入那座生化研究所。
在研究所的走廊，雪儿提到拾到的手镯，黑泽尔称那是自已遗落的连声道谢。继续往里走，在迷宫的一扇门前找到了“生体兵器试验计划开发室”，上面的标记竟和凌铠额上的胎记是一样的，凌铠思绪纷乱，暗忖自已与这地方有什么联系？在众人的催促下进入前方的屋子见到一只超大型的史莱姆，打败它后按下屋内的开关进入下一道门，绕到研究所的最底层，在里面的实验室看到奔雷石正嵌在一个巨大机械中，众人只好用全力打下它了。那机械中会不断地放出怪物，杀败它们着实不是易事。在进入机械内部后看到了一只光球，凌铠照着上面的显示得知大地石应在此地的西南方，那里是境外戈壁兽人自治区。
取下奔雷石走出实验石时，那三个召唤术士又出现了，众人正要决以死战，这时空中响起了警报声，因为不明生物的入侵，这里的自爆装置已开始启动了（这里是不是象是《生化危机II》中的情节？），电脑开始倒计时，在逃到走廊时后面一阵晃动，凌铠的体内突然释放出超人般的能量，挟着黑泽尔和雪儿飞奔而出......
终于逃到了安全地带，凌铠对自已的异常行为感到诧异，黑泽尔也发现每次找到能源石后他的额头上隐藏的胎记都会发生变化。雪儿在向呀呜长老道别后，三人乘电梯下到底层，在河边找到那艘气垫船，三人乘着它回到了巫舷冰海，凌铠在考虑如何穿越迦蓝中央山脉到境外戈壁去，听说当年邪皇修罗太子曾秘密构筑一条由帝都通往戈壁的地下铁路，不过这条路早就被兽人们封锁了。黑泽尔提起帝都平民区的那家机械工房，那里曾修理过一辆开凿隧道用的钻山车，也许会派上用场吧。
按原路返回到迦蓝帝国的平民区，凌铠登时有种回家的感觉，雪儿却触景伤情念及死去的爷爷和村人，凌铠劝慰她几句说要带她进皇宫去看看。正行走间三人看到伊莲和蓝斯洛正在前方的桥上等着他们，偷听他们主仆聊天，得知一些有关能源石的内幕，于是三人打消了回皇宫的念头以免节外生枝。来到机械工房见那辆钻山车已经修好了，与机械天才马盖先交谈用钱买下它，三人将能源石装到上面，凌铠终于可以开动这个老古董了，那边伊莲见状决定先乘飞船往境外戈壁去堵截凌铠等人。
穿过了中央山脉，因小路承受不了穿山车的重量而垮了下去，钻山车也滚落山涧。三人步行往兽人自治区进发，在路途中忽听一个兽人小孩的叫骂声，上前探看原来是小孩受到怪兽的夹击，上前将怪兽打败后，那小孩已逃得不知去向了。走过沙漠山梁终于进入到自治区的境内，兽人们在这里自给自足的生活看来很安定，居住的村落已具有相当的规模了，不过因为以前邪皇太子曾残酷地奴役过兽人，他们和人类之间的恨意是不会轻易化解的。

第四章：境外戈壁

三人来到广场忽被一群兽人围在了当心，兽人格里风部族的队长克劳赛上前问话，凌铠答话解释以期化解两族间的长期恩怨，然而一番口舌看来还是避免不了一场恶战，就在这时伊莲的飞船在空中出现，兽人们以为他们是一伙的，连忙分头展开攻击。
这边厢雪儿被俘，凌铠投鼠忌器又不肯独自逃生，只好举手投降，克劳赛吩咐手下将三人关押起来，一切待长老发落。而伊莲他们将飞船拉高摆脱了兽人的追击，伊莲得知凌铠被俘的消息，思忖着如何营救出他们。
牢狱中雪儿兀自争吵不休，外面忽响起一阵的噪声，看守出去察看的时候，那名曾救过的兽人小孩潜了进来，替三人打开了牢门并把武器交还了他们，不想在脱逃的时候踏响了报警器，大批的守卫围了上来，兽人小孩向父亲克劳赛讲述被救的事，克劳赛于是向三人道歉，凌铠上前将三人的来意讲明。
在克劳赛的带领下，三人在屋里见到了格里见长老，他看来早已知道众人的来意了，说圣殿所供奉的水晶雨水谅是大地石，是一个苏利耶王室使者送来的，那已是很久以前的事了，提起归还大地石的事，长老面有难色，说要慎重考虑一下，弄不好它会给族人带来一场大灾难。在长桥上与克劳赛作别后，三人决定趁这段时间到曾人市场去见识一下，由电梯上到顶层，凌铠的额头忽又一阵刺痛，那个胎记又浮现了出来，黑泽尔在一旁沉思不语。乘电梯下到兽人村的第三层，到最底层的矿坑去一趟，再返回来去酒馆一趟，这时克劳赛会出现来找三人回家中吃饭，因为要事在身凌铠吃咽不下，催促赶快去见长老。
在神殿中再次见到长老后，听他们的口气似乎不愿意交出能源石，说话间救世同盟的飞行船再次出现，伊莲说出那天发生在神庙中的真相，揭穿黑泽尔的真面目，而在这时空中响起了神秘的声音，说四块能源石都找齐了，叫黑泽尔赶快行动。黑泽尔这时才恍然大悟，原来第四颗能源石-烈火石就在伊莲的飞船中作为能源，便上前用死神咒打倒了长老抢上奠台。原来他就是当年修罗太子的遗孤，也就是苏利耶王朝的王子，这一切都是黑泽尔在吉祥王朝的国庆日神庙中知道的，他受是受到了魔核的召唤去了神庙，修罗太子透过魔核告知了他的身世，当年修罗太子开发了上古魔神兵器金刚密迹，而伊莲的祖父也曾牵连其中......
在黑泽尔的攻击中，蓝斯洛为保护伊莲身负重伤，权宜之计只好下令离开。黑泽尔上前取到大地石，用咒术击倒了雪儿后也消失了，凌铠将雪儿交付给兽人长老看护，自已在克劳赛的帮助下去追赶黑泽尔。
飞行船中伊莲正照看蓝斯洛，飞船忽然一阵震动，看来是有人闯进来了。伊莲出去察看，在天桥上遇到了变身的黑泽尔，在这时凌铠和克劳赛也适时赶到。交谈之后得知那三名召唤术士不过是黑泽尔自导自演的骗局，那只手镯就是召唤时使用的道具......三人在合力打败了三名幻影术士后，黑泽尔趁机取到了烈火石。在黑泽尔逃走后，飞船因为缺乏动力急剧下坠，而蓝斯洛也失去了意志不能驾驶它，于是凌铠照伊莲的吩咐去底层取备用零件组，一切行动必须在五十秒内完成。因为下去的舱门打不开，先冲到后舱去按墙上的按钮打开它，在屋子里往下走可从箱子里找到零件A，返回来爬到下舱，往下走取到零件B，然后返回来将零件放到上面的控制台上，众人暂时摆脱了下坠的危险，然而不久的一声爆炸将引擎破坏掉，蓝斯洛把舵迫降，伊莲和凌铠逃入安全舱中，克劳赛飞去修理后舱。飞船落地后，伊莲跑出舱外为死去的救世同盟弟兄们落泪难过，这时船体发生了大爆炸，蓝斯洛随之死去，凌铠连忙带着伊莲离开。两人在一个地下迷宫的建筑中行走，奇怪这里是境外戈壁的地下却有着像是人类留下的遗址。从这一片迷宫走到尽头，伊莲说这里可能是当年修罗太子用来奴役兽人们的牢房，两人说话间克劳赛出现，随后一只大沙虫也跟了进来。
合力打败了大沙虫，三人从沙虫撞出的大洞中逃了出来。在兽人村落里找到神殿（在顶层有三个紫色兽人看守的电梯下去），雪儿见凌铠哥哥安全归来显得很是高兴，伊莲看到雪儿眉心的伤痕担心黑泽尔在她的身上施了什么魔法。凌铠决定还是先赶回帝都去阻止黑泽尔的复仇行动，不过没有了钻山车不知如何跨越中央山脉，长老说起有地下的车站中有一辆前帝国的魔导列车......

第五章:复仇之血

长老将众人领到底层一个封闭的矿坑，打开前方的门穿出通道找到了那辆魔导列车，不过为了使这古董起动，众人还要去下层寻找电力供应装置。在地下迷宫中找到一间研究室，在桌子上的资料标笺上，凌铠看到了与自已额头胎记一样的印记，不由大惑不解，而这时雪儿一反常态地将桌上的所有资料都焚毁了......唤醒了雪儿，雪儿似乎对刚才的举动全不记得。当务之急还是寻找电力装置，于是离开了研究室，在迷宫墙上找到一个发亮的开关，然后往右进入一道打开的门中从里面的阶梯下到底层，在中央的闪光开关上按一下，然后在右上角打开电力供应装置，一只长期居住于此地的地底生物被机器的启动声惊醒了，打败它后有五十秒的时间逃出电力控制室，动作慢的话就OVER了。
进入火车后一直往前走来到前舱的控制室，克劳赛正在那里忙成一团，当众人看到火车头上的座标仪表时，想起帝国早已将列车通道的出口给封堵上了，列车最终会撞上厚重的岩石，这真的是一辆开向危险的死亡列车！这时雪儿说话的口吻也完全地改变了，黑泽尔留在她身上的黑魔法开始发作了，在雪儿跑开后，众人将火车控制切换为自动驾驶，一起到前面寻找雪儿。
打败了雪儿的变身后，那只电力控制室的怪物也在列车上出现了，雪儿用最后的力量将众人传送回了火车厢内，自已与那怪物同归于尽，众人已没有时间悲伤了，为了不甘落后辜负雪儿的一番苦心，众人往车尾行进，在几十秒内跑到第五节车厢后迅速卧倒，前面的火车头终于撞到的洞口的岩石。
当众人走出火车时，发现周围的环境就是皇家神庙，可这里发生的巨响，为何没有半个守卫过来察看呢？凌铠马上有种不祥的感觉。三人冲入皇宫，大殿里寂无一人，看来黑泽尔已摧毁整座王城了，伊莲猜想黑泽尔一定是到当年修罗太子的秘密研究室去了，那里就在皇宫的后山禁地中，在修罗太子的寝宫中有前往后山的密道，不过进去要找到两把秘门的钥匙。
在迷宫的左方找到王宫钥匙，在右边找到魔神钥匙，往左边的道口进入太子寝室，伊莲在墙上按下开关打开室内的密道入口，在里面见到了凌威皇帝，见他的眉心有着与雪儿同样的伤痕，知道黑泽尔已在他的身上施用的黑魔法，一战难免，凌铠无奈中只好与父王的变体展开了搏斗。打败了凌威皇帝后，凌威向凌铠说起他的身世，原来凌铠就是当年修罗王子的研究产物，一个实验婴儿！伊莲在前面的实验室里找到了一本开发记事本后，到悬崖边找到苦恼中的凌铠，克劳赛上前劝导他，无论是否人类，存在的意义明鉴于心，既然了解了为战斗为存在的宿命，就应勇敢地为向来所坚持的正义做最后的努力，凌铠听罢哈哈大笑，说自已身上的宿命也该终结了。
三人往前冲去，在石梁上分别打败两只怪物，在尽头的石台上找到了面目狞狰的黑泽尔，这个自私又狂妄的家伙幻想着苏利耶帝国秩序的重建，复振修罗太子的权力和荣光......众人听着不由义愤填膺，联手上前一场恶战打败了他，不想他以自已的血肉之躯与上古魔神兵器金刚密迹合而为一，再次打败这魔神的化身，修罗太子的声音在空中传开，原来他早已存在于金刚密迹中，成为它的意识中枢，当凌铠最后打败了修罗太子后，一切的恩怨和宿命都已完结......
在修罗太子的悲惨毁灭声中，凌铠一行人及时地逃出了魔神兵器最终实验室，凌铠虽已得知自已的身世，仍旧没有为自已原本是创造出来的战斗兵器而气馁，毅然负起重建帝国的大任，而克劳赛则回到了戈壁成为一族的领袖，为破除兽人和人类之间的嫌隙而努力着，至于伊莲则从众人的面前消失了踪影，救世同盟也从此消失于世上。岁月就这样一天天地流逝，在历史的长河中还是不断地有黑暗的势力在蠢蠢欲动......