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故事大纲：Konoko为了得到更多身世的秘密，决定潜入科学研究中心去找舅父，希望从他口中获得更多资料。
第十二关：sins of the Father
地点：TCTF science prison #112
Save Point1，2：寻找舅父Dr.Kerr。
Save Point1最主要是避开数重的红外线装置，避过后便可进入Save Point2。
Save Point2游戏开始时谨记不要向右转，因为守卫一看到入侵者就会按动警种，敌人会从四方八面攻过来，过关的难度自然会提高，而向左方楼梯走坐经过实验室，此地有大量隐形药。之后走向一度红色门便会到达另一地段，内里会有一座电脑，其内容主要是讲述Konoko舅父与及开启通过下一地段的门。开启完毕就返回红色门那处进去第三地段，抵达后会遇到一组红外线在左方尽头，而Dr.
Kerr就身处于另一方的尽头，与他对话后就会教Konoko在Save Point3如何应付。
Save Point3：启动三台能量发动器。
玩者在与Dr.Kerr对话的房间中，利用电脑操控台去关掉红外线与及走廊外的门。开启后就沿楼梯右下方走直至看到电脑操控台（有黄色符号及黑线）为止。之后就会经过一条暗暗的通道，途中会遇到一些黑色障碍物，经过此地段便会看到三台能量发动器，将它们启动过后再回到地下层找Dr.Kerr。找到他后，他会向Konoko透露她父亲所定的计划详情。
Save Point4：赶快找出处理生化物资的地方，这是Konoko唯一的希望。
离开实验室后就转往右方，不断开启房门找顺复药。搜索完毕就利用楼梯走的向第二层寻找两座电脑操控台。启动过后就进入房间，房内充满了红外线，玩者只需用侧身跳跃便可轻松避过，接着走到处理生化物料的地方便完成此关。
故事大纲： Griffin逃到升降机去，Konoko仍有许多疑团尚未了解清楚，所以决要跟踪Griffin到底。
第十三关：Phoenix Rising
地点：TCTF headquarters
Save Point1：Griffin逃走了，要得知身世之谜赶快追捕他。
玩者步出走廊就向左转，进入一度没上锁的门。房内会有一座电脑操控台，启动后大堂内所有红外线装置都会关掉，而且还有弹药可取。在顶楼最高会埋伏很多敌方士兵，所以最好不要上去。之后，走向处于中间位置的房间，一间会藏有电脑操控台用，来解除楼梯所有门锁，而另一间则一启其余层数的房门。
Save Point2，3：打倒大楼各防线，到达Omega Vault .
由楼梯走回通道上，然后再走到最高层，玩者便会发现四间电脑房和储物室。不过，储物室是需要从秘密通道才可进入，而房会找到弹药及武器。在第二层寻找另一条楼梯到地下，而找寻方法就如之前在高层到第二层一样。大家沿途可要小心狙击兵的偷袭，到达地下后可在三座电脑操控台后面找到隐形药，最后一出门外会有楼梯继续往下走。
Save Point4：要与Griffin对决，首先要关掉Omega Vault。
这部分难度并不大，房间数目寥寥可数，玩者最主要是在地下一层和底层找寻电脑操控台来解除门锁和关掉Omega Vault便可顺利过关。
Save Point5：地下室对决。
此部分玩者必须要有大量的回复药才好开始游戏。因为玩者要面对的是Shinatama三重防御装置，稍有错失便会被扣掉能源，而且幅度亦相当高。解决了Shinatama之后，Shinatama会度图去杀死Griffin。至于杀与不杀则由玩者决定，而这决定是会影响日后剧情的发展与及爆机画面，所以要小心选择。（笔者建议选择不杀为佳）
故事大纲： Konoko终于来到山上的Syndicate总部境内作出最后一战。
第十四关： Dawn of the Chrysalis
地点：Syndicate mountain compound
Save Point1：潜入Syndicate总部。
游戏一开始，玩者会身处一组木箱附近。在木箱后面会找到隐形药，得到后就立即使用它。接着，走向有守卫看守着的围栏，然后再转向右上角，就会看到一个高高的木箱，木箱上会藏有武器。取得后就跳向地下，此时会发现隐形药。使用过后就走向一度蓝红色的仓库门，里头有大量守卫把守。不过，玩者现在处于隐形状态，大家只要在未回复原形之前，冲过所有守卫进入另一度门便可。进入后玩者除了要小心各种防御装置之外，就没有其他大麻烦，拾取房中宝物后再向一度浅绿色的门进发。
Save Point2：截劫装甲车。
此部分以开启房门为主，玩者只要顺次序找电脑操控台便可轻易完成。虽然难度不大，不过大家可要小心房中的守卫才好。他们身上会有一种非常利害的武器――Mercury
Bow。由于此武器异常强劲，所以玩者尽可能将之取来作为己用。
完成了开锁工作之后，回到走廊会看到几名守卫在使用一辆装甲车，于是Konoko灵机一动想利用上车去撞开主层那度难以开启的门。接着，玩者只需打倒数名守卫，抢去他们的钥匙便可顺利通过Save
Point2。
Save Point3：偷取Muro计划资料。
在楼梯走了一段短路程会遇到一批伏兵，打倒他们后走上楼梯开启大门，房内会有守卫而大家身处的房间就是主电脑房。电脑房中玩者首先一直行，然后在第一个路口向右转就会看到一间细房，房内藏有一座电脑操控台。操控台启动后，此层的房间便会全部开启。一出房门就向左转进入另一个间房，房内会有手持重型武器的守卫。解决他们后，玩者可选择到地下一层又或者到最顶一层。不过大家如何选择也好，行动亦只有一个，就是去找寻房间去开启电脑操控台令其他层数的房门打开。（在此笔者建议大家每一间都作搜查行动，因为每间房都有药物和武器可取，而最佳的搜索方法是由最下一层顺序搜寻至最高一层比较好）搜索完毕后会发现大平台，它会带领玩者到最后一战的决战地点。
Save Point4：最后一战。
在这部分游戏是会有两段结局，视乎大家在第十三关有没有干掉Griffin。
选择杀掉Griffin： 如果玩者在第十三关干掉了Griffin的话，这一关将会遇到Muro的最终形态。大家可要注意一点，就是Muro身体发出橙红色光时是刀枪不入的，而且力量亦非常强大，玩者绝不可于此时作出攻击，应该多作闪避直到他不发光为止。如果大家参照这方式去攻击Muro，不出十分钟之内便可以看到爆机画面。
选择不杀掉Griffin: 如果大家没有杀掉Griffin，游戏就更加易玩。因为Griffin与及TCTF部队会乘搭直升机在Konoko与Muro的决战前出现，而且更会协助Konoko联手攻击Muro。由于Muro不会变成怪物只以普通姿态登场，所以对付起来就更加容易得多。至于他身边的士兵玩者最好不要理会，全部由Griffin及TCTF部队处理，将他击倒后爆机画面又再一次展现眼前。
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