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序章：
相传在远古时代，世界是由龙所统治。由于龙具有极高的智慧，因此发展得相当迅速，断地壮大，与此同时龙人也开始骄傲起来，认为自己可以与神相对抗。终于，天上的诸神被龙信所触怒。为了惩罚它们，神创造了一条巨龙将地上的龙人们一口口地吞下，并将大地崩裂，让所有的事物都随着烟尘而埋入地面之下。于是大部分的龙人都在这世上消失了……。
故事开端：
故事发生在日本的幕府时代。一个飘雪纷飞的早上，职业为“万能层”的我(幻斗)和我的爱猫红丸正在温泉里沐浴，忽然间，一群以半藏为首的武士出现，并且追杀着另一名受伤的武士。我路见不平，决定拨刀相助，经过激战，终于把那名武士救出来了。武士知道自己将要死去，只好把一份密函交给我，希望我能把密函交给江户幕府的伊豆野神大人。既然这样，我只好符应了，这样我的冒险旅程正式展开。
第一章、寻找金之琥
出了札幌，往南走了一段路来到了函馆，发现有三名士兵在守住关卡，不能通过。我于是来到码头边，从一村人口中得知要到五佑卫门酒场找五卫门伪造一张通行证。于是我和红丸沿旧路折回，再往东北方前进。进入酒场和店老板交谈后，他要求我帮他到东面的落下之人村抢回金之琥，我没有其它办法，只好答应了。
我和红丸向东绕过山脉，来到落下之人村。长老露之叫我到隆摩伊克尔洞，于是我和红丸离开上之人村，来到东南面共三层的神秘山洞，并从宝箱中得到了奶油饴。之后，来到落下之人村北面的一间小屋处，见到北海老伯，老伯兄弟两人帮我们架了过流冰的桥，使我们通过后来到了隆摩伊克尔山洞，在里面其中一个宝箱中得到了寻找已久的金之琥。
第二章、王卫门智过函馆
回到五佑卫门酒场，我们立即把金之琥交给饭店老板。他也说出了事实，原来他就是怪盗五卫门。和他谈了一会儿，他就开始制作伪造通行证，我和红丸为了不打扰他，就出了酒场和三企我赖汉闲谈起来，不一会儿回到酒场，通行证已经完成了。最后，五卫门也决定加入我们的队伍，和我们一起向江户城进发。
沿着大路，我们又来到函馆，进入关卡。果然，三名守兵都被五卫门所做的伪通行证骗了。过了关卡，来到池 馆最大的码头。 我们乘船经过一夜的航行，上了岸，这里仍然是一片白色的世界，来到附近的一个村镇(就叫它A村吧)，
发现这个镇已被一名守兵封锁。经过讨论，我们决定按照五卫门的建议走秘道。于是来到镇门口旁的一棵松树前进行搜索，最后，在这棵松树的右边发现了一条秘道。
第三章、妖魔村之行
我们沿着秘道出了镇，继续往南走，在路上发现了一个可疑的村庄，出于好奇，我们进入了村庄。来到长老住所，但长老好像不太友善，叫我们立即离开。忽然间，一个女孩子从外面冲了进来，慌忙地报告“暗鬼”又出现了。我们觉得相当奇怪，立即走到村口，只见一只类似蜘蛛的怪物正往村慢慢爬过来。原来，这只怪物就是所谓的“暗鬼”。村民们见“暗鬼”出现，马上围了上去，忽然间，村民又变成了妖怪，和“暗鬼”进行激烈的搏斗。最后，村民还是被打败了。“暗鬼”继续进行，准备伤害一名小女孩。在这千钧一发的时刻，我们只好出手了，经过一翻殊死的搏斗，我们终于将它赶出了村。
由于我们发现了村民的真正面目，村民正想对我们动手，幸好长老(村民称其为四界王)及时出现，平息了村民，并且向我们说明了这个妖魔之村(
远野之村)的一切。当然，我们亦体谅他们。 之后。四界王要求我们帮助村民将“暗鬼”完全消灭，并派玉裳帮助我们，我们答应。来到毒森林。这时，玉裳对我们说不愿和人类全作，决定以自己实力去消灭暗鬼”。说着，便进入毒森林，我们没有办法，也只好跟上去了。进入到毒森林中，我们发现玉裳正和“暗鬼”打斗，并且已经受了伤。看到这种情况，我们马上加入战斗…。终于，合四人之力将“
暗鬼”消灭。不幸的是玉掌也晕倒了，把它送回四界王住所。经四界王诊断后，得知玉掌在和“暗鬼” 战斗时不慎被毒爪所伤，而只有得到“白青蛙之卵”
才能解毒。
很快，我们就来到了位于毒森林西方的白青蛙巢穴，在里面的第二层，我们发现了白青蛙。将其打败后得到了“白青蛙之卵”…。
四界王为了感谢我们帮助过他们村和救了玉掌，决定将“妖刀村雨”送给我人，我当然高兴地接受了。
在离开村之际，玉掌出现在我们面前，她说希望可以和我们一起出发。这样，玉裳就加入了我们队伍了。
第三章、新的任务
出了远野之村，我们一直往南走，很快我们又来到了另一个关卡，在关卡前，我们决定了一个办法…，终于在有惊无险的情况下通过了关卡。过了关卡，我们就到来到了仙台。在仙台，我们从村民口中得知水户关卡没有守兵。我们就立即往南来到水户关卡，果然一个守兵都没有。我们正感到疑惑不解时，忽然间，魔人部队首领信长出现了，并且把我们包围住。这时，五位门挺身而出，牵制住他们，让我们先离开。虽然我们很担心五位门，但他坚决要求我们马上离开，我们也只好答应了。迅速过了关卡来到水户城。在水户城打听不到五卫门的消息，但却在护城河旁边发现了一名晕倒的老伯。原来这名老伯就是御三家之一的三国，他假装晕倒并且设下圈套，把我们关进了牢房。此时，伊豆野神大人出现，告诉我们全部的事实…，并且要求我们帮助他寻找“龙宝”(包括：麒麟太刀、操龙玉、封龙玉)以挽救世界，
而“龙宝”分别藏在虾夷、播磨、日向这三处地方。我们经过细心的考虑，最后答应了他。
第四章、龙宝的获取
走出牢房，通过右侧的阶梯进入秘道。走过这三层的迷宫，我们终于来到了江户城的下市区神田，在这里，我们从村民口中打听到一些必要的消息。
来到神田西面的浅草，我们找到了伊豆野神大人叫我们找的人一电气源内，但他却不肯帮助我们。于是我们便来到浅草西面的吉原，在五翻楼我们找到了另一位能帮助我们的人—不知火时。和她闲谈了会，他答应明天叫源内帮助我们。
第二天，我起床便听到怪物的声音，于是我们以最快的速度来到通往城下市区的桥上。在这里，我们看到了一个巨大的魔人。和它战斗了一回合，发觉它相当厉害，我们不是它的对手。对此，火时小姐和源内也正在谈论此事。原来，源内曾经是江户幕府的科学顾问，而这个魔人也是他亲自设计的，名字叫“弁庆”。但现在他非常后悔竟然制造了这个杀人机器，决定将他毁灭……。
把“弁庆”消灭后，我们回到了五番楼讨论日后的的计划。这时，源内决定加入我们。以过商议，最后我们决定由海路到播磨，但首先应拿回源内制造的“海龙丸”船。由于“海龙丸”是一艘相当厉害的船，所以必须将其藏在一个怪物满布的迷宫内，以访止坏人盗用。现在，我们就要穿过这个迷宫。果然，穿过这个迷宫也花了我们不少的时间，但是最终我们还是登上了“海龙丸”船。可能是由于船已经长时间没启动过，所以在航行的途中出了故障，需要一些线圈来维修。我们便上岸寻找。来到难波打听，得知只有神户有这种线圈卖。于是，我们离开难波，往北来到一个关卡前，我们花了二知元才过了这个关卡。之后，我们向西进入了神户村。
经过打听，得知神户村TOTO商店有这种线圈卖。来到TOTO商店，却被美玲抢走了线圈 ， 且要求我和她决斗，打败她之后拿回了线圈。最后，我邀请美玲和我们一齐到六角山，她高兴地答应了。在往六角山的山道上，我们遇到了敌人正宗，经过激战，他战败而逃。我们便继续上山。上到山顶，我们终于见到了雷龙，但我们的力量远不及它，很快就被他打败。它正想杀我们之际，忽然之间出现了一道光芒。雷龙感到相当惊奇，我们便乘机反击，终于将它打败，并得到了“操龙玉”。回到神户村，我们和美玲的父亲宗源谈及了此事，最后宗源决定让女儿美玲加入我们，和我们一起探索龙族的秘密。而源内因要回难波修理船，所以和我们暂时分别了。
离开神户村往西走，发现北面有一座绿色的小山。来到山脚，遇见一名神秘的少女。我们跟着他来到西面的出云村。并且认识了这名少女，原来她的名字叫国，是保管出云大社钥匙的巫女，我们经她的帮助进入了出云大社。经过出云大社第一层的迷宫，我们下到大社的底层，在这里我们发现了诸神遗留下来的“天鸟之船”。正在此时，半藏和江户幕府中的阴谋家小林桄榔也出现了，他们抢走“
天鸟之船”并且向肥前使去。
真想不到“天鸟之船”会被他们抢走，但幸运的是我们发现了一块金属板，上面画一幅设计图。由于我们都看不懂这幅设计图，只好拿着设计图回到源内“海龙丸”号上……。因为“海龙丸”号没有足够的能源，所以我们不能马上前往向肥，只好来到长崎，希望可以寻找到一种具有很高能量的矿石—虹石。
我们来到天堂教的总部，认识了四郎。之后，我们出了长崎，往东走来到阿苏山，经过几层迷宫下到最底层，在其中一个宝箱中感觉到一股强大的力量，正在此时，一只怪物出现了，把它打败后得到了虹石。拿着虹石回到长崎，映入眼前的是惊人的一幕：整个长崎都被江户的军队破坏了。此时，江户军的头目小林桄榔和半藏把长崎所有的人都消灭。为了阻止他的行动，我们合力把半藏打败，只可惜让小林桄榔走了。
为了把小林桄榔消灭，四郎加入我们的队伍。而源内要继续修船只好和我们暂时分别了。
离开长崎往东走来到一个火山前，看见了一个秘道入口，通过秘道来到了一个不知名的岛。过了桥往南走来到了龙人村，在这里我们了解了龙人的一此传说。离开龙人村，我们往北走来到另外一个神秘的山洞。在这里的其中一个宝箱中，我们发现了克莱菌壹。之后我们就沿着原来的秘道回到长崎。
在长崎的教学中，我们认识了海瑞，他知道健一被小要桄榔杀了，决定加入我们…。我们坐上“ 海龙丸”又来到A村庄里。出了A村往南走了一段很长的路来到了日光村，在这里我们打听了一些情况。知道了要进入神社才可得到“天之丛云”剑，而要进入神社是必须以妖刀“村正”为钥匙。于是我们就离天村，往东南方走，看见在东面的山脉中有四个山洞，经过探索发现原来这四个山洞是可以相互连通的。沿着山脉走，我们发现了一个村庄，就是越后之村。在其中的一间屋子里我们见到了古老老伯，他叫我们去找“妖魔之村”的四界王，于是我们折回A村庄来到“妖魔之村”，
在这里我们见到了四界王，他告诉我们“村雨”妖刀的真正名字原来就是“村正”…。
拿着“村正”妖刀回到日光村，打开神社的大门，来到第二层见到了家康，和他比试赢了之后得到了霸王剑——天之丛云。
回到A村庄和站在码关头的源内对话两次， 他告诉你龙宝在是夷出现，于是我们乘坐已经可以随时放大缩小的“海龙丸”来到是夷。
往东南走我们来到其中一个雪山的山洞，在内面几层迷宫中我们发现了冰龙，把打败后得到了麒麟太刀。
回到海龙丸，我们决定出发到樱岛，并希望得到最后一件龙宝。来到樱岛往北走进入山洞。忽然间半藏出现，他告戒我们要小心小林桄榔，之后就离开了。我们继续进入山洞，在里面的地下第三层我们发现了炎龙，打败他后得到了封龙玉。
第五间、伏龙世界之行
我们照着他的话来到佐渡岛上的金刚山…。忽然间，小林桄榔带着带部下出现，我们艰难地把他的手下打败，没想到小林桄榔一出手就将我匀打进了地穴。
待我醒来后，发现自己原来掉进了肽龙世界。首先我们找回了两个同伴，而为了救我们而被打下这里的半藏也决定加入我们。当然我们也非常欢迎。
我们从龙人的口中得知了一些消息，原来我们身处在伏龙世界的中立区域，在这里有酒店( 酒店老板可以做记录等工作)、道具屋、兵器店等。
而且在这个龙世界中其分为六个区域(中立区域、 天之域、地之域、炎之域、风之域、水之域)。 知道这些情况后，我们进入唯一可以进入的天之域，并在宫殿中见到了在龙王迪亚曼多。令我们感到十分意外的是天龙王的样貌和美玲很相似，原来美玲就是天龙王的女…。另外，我们要求回到地上天龙王叫我们去找其它地域的龙王商议。并且给我们通往其它地域的通行证。
我们来到炎之域、地之域、风之域、水之域和分别和普利多拉、玛卡拉、都朋、拉哈布见了面，然而却没有什么进展。我们失望地回到酒店准备休息一下，但却听到炎之域和迪亚曼多相议，她认为要以谈判来解决一切争端。我们接受了她的意见，帮她将天之书状交给普利多拉过目，但普却执迷不悟，一心要以战争来统一龙世界。于是我们教训了她一顿，她只好交出炎之状书。其它龙王开始也是一样不肯中止战争计划，后来我们将他们一一击败后，他们也同意和平。并且交出了地之书、风之书、水之书。
我们阻止了一场在龙世界要爆发的战争后回到之域和迪亚曼多回面，他把我们送进了通往伏龙神殿的入口。
经过迷宫，我们来到伏龙神殿见到了伏龙，它告诉我们要发挥天晴力打败小林桄榔，阻止他召唤出沉睡在伏龙心中的邪龙——八岐大蛇。最后，伏龙将我们传送到地面的富士山顶。这时源内出现，我们便乘坐可随时放大缩小的“飞龙丸”下了富士山。
第六章、最后决战
往西走了一段路我们来到一个村镇(就叫它C村吧)，走过宫殿迷宫我们打败了三友。接着， 我们又马不停蹄地往东北走来到水户城。走进了宫殿迷宫，在这里，我们发现迷宫并不连通。原来，这里用了一些“幻像墙”，也就是一些看法不连通的路，而事实上是连通的。经过一翻摸索，我们进入到顶层并打败了三国。出了水户，我们使用“飞龙丸”
折回C村，再往西南飞过一条河流，来到一个城镇，把空海打败。
打败江户三御家后我们坐上飞龙丸，这时，正宗出现并约我决斗，把他打败后回到飞龙丸，向目的地江户城进发。
来到最后的迷宫。因为这里也运用了“幻像墙” ，花费了我们不少的时间。而且在每一层都有一个小头目阻挡我们的去路。当然，也有不少老朋友尽力帮助我们包括源内、五卫门、四郎、半藏。最后，我们打败信长来到天守阁见到了大头目小林桄榔。我们竭尽全力地将他打败，本以为可以阻八岐大蛇复活，谁不知反而让它复活了。但幸运的是霸王剑同时给予我强大的天晴力。合五人之力，终于将这条黑暗的八岐大蛇打败…。
在各位战友的帮助下，我终于完成了这次艰巨的任务。当然，我会继续我的冒险，因为我是史上最强的“万能星”…。
战斗中让你的某一样道具少于你的队员数，让你的队员使用此道具超过它的数量，结果是不减反增。举个例了，复命丸还剩一个，在一个回合中让两名队员同时使用它，回全结束后你会发现复命丸有65535个。
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