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第六章：
赶到然翁居后，仙人们云游未回。当他们回来时，已经太迟了。玉儿终因伤势过重而死。
心情稍微平静后，陈靖仇来到对奕亭。在那里，古月仙人告诉陈靖仇他也没有办法对付宇文拓，希望他还是放弃的好。此外，他还透露说天上的伏羲宫殿中有一个天女白玉轮之阵可使死人复活。
回到然翁居将玉儿的水晶棺收起后，到对奕亭向仙人道别。之后沿传送点回到大兴城。
回郡王府后，陈靖仇已无心再战向郡主及师父道歉，并表示自己已经不愿意，告别郡主参加后从玄武们离开，中途休息时，遇到了李世民。李世民向陈靖仇提出了一个对付宇文拓的方法，使陈靖仇在次燃起了对抗宇文拓的信心。二人相约在太原门口相见。
来到太原城后，在唐国公家中意外的遇见了张烈，陈靖仇向张烈说了玉儿的事。张烈决定加入队伍，和靖仇一起对抗宇文拓。一行人出城后向地图的左上方走，来到云岗石窟。用张烈准备的法宝打开石窟的封印后，经由石窟的天路来到洛阳。
出下了天路，先来到下方的通天塔，发现那里已经被军队包围。可是门口的一道神火却挡住了去路。于是陈靖仇一行决定先回洛阳向李靖拿法器。
在洛阳客栈遇到郡主后，独孤郡主说会一起帮忙找李靖，出来后在城门碰到李靖，张烈便邀大家去他家。在将事情交代完后，一行人便向通天塔出发了。
来到通天塔入口，用泛云龙玉熄灭了门口的神火。上塔后在中间层的大厅遇到韩腾，在战胜他后，师父为了保护靖仇被韩腾的最后一击打伤。靖仇等人留下师父继续前行。
上到塔顶后，陈靖仇再次和宇文拓交手（第二战的时候也是理论上必输的，不过利用主角那招移花接木可以一直和这家伙耗下去……），宇文拓击败陈靖仇后，独孤郡主忽然出现，并将小雪胁持为人质。而陈靖仇趁宇文拓不注意时打伤了他，但陈靖仇也被宇文拓的力量反击击昏，而郡主也露出了真面目。数天后，当陈靖仇醒来时，整个中原已被魔族占领。小雪向陈靖仇说明了所有事情的来龙去脉，陈靖仇才恍然大悟，并决定去找仙人岛找仙人帮忙。
第七章：
利用魔界传送点回到然翁居找到了找到了然翁仙人，他说他也没有办法，不过现在古月仙人在莫支滩，他或许有办法。在莫支滩见到古月仙人后，他告诉了陈靖仇解决方法，并让他先去找齐宇文拓和其它几样神器。
从原先的仙界传送点出来，可以来到惊魂塔。在打败迟嫣红后可以得到崆峒印。之后回仙界，从左边的传送点可以到蛰魂塔，击败里面的单小小后可以得到神农鼎。之后再回仙人岛，从上方的传送点进入，来到通天塔。在塔外遇到了程咬金和秦叔宝等人。可是通天塔入口被妖火封住，只好先回天外村请仙人想办法。
在然翁居见到了古月仙人，大家一起回到通天塔。古月仙人将魔界妖火熄灭，并便吩咐大家兵分三路。陈靖仇一行去救宇文拓，古月仙人直接到塔顶布阵，其余的人去取伏羲琴。
在塔中陈靖仇找到了宇文拓（就是之前和韩腾战斗的地方），可是这时独孤郡主出现，并露出了真面目。在击败郡主后，众人带着宇文拓来到塔顶。在和大家交谈后，把神器放到阵内，就会被传送回过去。之后宇文拓发动六芒星的阵法，把大家传送回虚空之门。
从虚空之门出来来到了次元交错空间。在里面发现了伏羲神殿。这时，发现了天女白玉轮之阵，陈靖仇想到利用这个阵法可以使死者复活，于是想请古月仙人施法救活玉儿。在这里，根据你以前对玉儿和雪儿的态度，会有不同的结果——救活玉儿或是不救（游戏的两个不同结局）。
离开伏羲神殿，来到赤贯星内。关闭了两道光柱后失却之阵的传送点开启，到了失却之阵后，古月仙人便开始布阵准备封印天之痕。可就在这时，独孤郡主闯入，在将她击败后（从这里的情节看，独孤郡主应该就是轩辕剑3里的妮可）继续进行封印的工作，可是仪式进行到一半的时候，发现有人正在破坏赤贯星中枢。陈靖仇一行赶去一看，发现竟然是师父。原来师父服下了撒旦魔果，已经完全丧失了本性，而且变身成了一个巨大的魔鬼。在战胜后赶回失落之阵，就可以慢慢欣赏结局了。
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先锋工作室良牙
